蔡司ZEN——使用ZEN的显示器
软件

ZEN显微镜软件

从样品到知识的 全套解决方案

ZEN是所有蔡司成像系统通用的用户界面。无论是简单工作还是常规工作,ZEN都会引导您直接获得结果。对于复杂的研究实验,ZEN可按照您所需的方式灵活设计多维工作流。直观的工具和模块助您完成任意显微任务:

  • 使用智能自动化的工具采集图像
  • 使用经过科学验证的算法处理图像
  • 通过GPU驱动的三维引擎对大数据进行可视化
  • 通过基于机器学习的工具分析图像
  • 关联光学和电子显微镜
蔡司ZEN——智能采集

智能采集

让棘手的实验成功进行

可使用统一的便捷界面操作您的每台设备。无论是何种显微镜类型,智能设置——即智能控制中心均可自动为您生成设置。若您希望进行重复性的实验?只需打开之前采集的原始图像,一键调用,即可精准复制相应的实验设置。还有更多智能的自动化功能待您探索:包括可引导您检测罕见事件、帮助您硬件校准等。

蔡司ZEN——定量处理

定量处理

获得可靠且可重复的结果

180多种图像处理工具助您转换和管理数据。只要搜索您所需方法的关键词,如记波器或去卷积,ZEN便会直接引导您至相应位置。ZEN将读取输入图像的元数据,然后仅显示逻辑处理步骤,并自动优化默认参数。您甚至可以使用第三方导入工具处理其他平台的图像。通过专门的操作界面,还可轻松批量处理多幅图像,获得定量和无偏差的结果。

蔡司ZEN——强大的可视化功能

强大的可视化功能

与您的大数据自如互动

您可在高放大倍率下快速生成大型多通道二维拼图,并像使用地图应用程序一样,轻松通过鼠标滚动顺滑地放大和缩小。有200 GB经透明化处理的小鼠大脑数据?只需将其载入ZEN,多种三维渲染方法的速度和清晰度将为您带来惊喜。借助arivis ImageCore技术并高效利用系统资源,您甚至可以在普通消费级硬件上查看大型三维图像。

蔡司ZEN——有效分析

轻松实现分析

有效地深入了解您的研究

通过数字分割和对齐工具进行图像分析对于从显微镜图像中提取有意义的信息至关重要。ZEN使用简单的模块化工具Bio应用程序处理这项任务。每一个Bio应用程序都对一种类型的应用进行了优化(如细胞计数或细胞融合度测量),具有量身定制的分割设置和简化的数据展示。ZEN中基于向导式的Image Analysis模块会逐步指导您创建个性化测量。

蔡司ZEN——极具特色的关联显微镜

极具特色的关联显微镜

将跨尺度和不同成像模式的视图相结合

ZEN可以将您的多模态数据进行叠加、导航、组织管理。您无需再花费数天时间,艰难地定位两个特殊神经元之间的突触以获得超微结构信息。宽场荧光显微镜的大视野与场发射电子显微镜的高分辨率相结合,可显著提高您的效率。ZEN让您可以通过荧光标记快速概览整个切片,识别并重新定位用于电镜成像的感兴趣区域。

蔡司ZEN——安全的存储

安全的存储

处理复杂数据不在话下

ZEN存储所有有价值的实验及其元数据。

.czi是Bio-Formats兼容的文件格式,可通过ImageJ和众多其他第三方软件直接读取。您还可将数据导出至OME-TIFF(Open Microscopy Environment,开放显微成像软件),进一步促进跨平台图像数据的转换。

为管理海量数据,ZEN提供了一个基于服务器的中央平台,用于存储和组织您的原始数据并管理用户访问权限。此外,您还可以通过ZEN Data Explorer,随时随地从浏览器进行访问。

ZEN工具包结构

重要ZEN工具包概览
重要ZEN工具包概览

优化的访问,无限的可能

ZEN软件为所有显微镜用户提供了一个全面的端到端解决方案,它不断进化以满足生命科学领域不断涌现的新需求。例如,它新增了自动智能采集、直观的图像分析和基于云的数据管理等功能。然而,增加的功能也使ZEN生态系统更加复杂。使用ZEN工具包结构,选项更为精简,众多功能唾手可得。您可以根据自己的实验需求,选择性地安装包含采集、分析和特定高级功能的工具包,从而量身定制自己的ZEN软件环境。

ZEN工具包

  • 基础版
    使用手动、编码和电动显微镜进行多通道荧光和时间序列实验的基本图像采集。

    电动聚焦版
    获取多通道荧光、时间序列和Z轴序列实验图像,并具有软件自动聚焦及景深扩展处理和同步数据处理功能。

    电动版
    获取多通道荧光、时间序列、Z轴序列、拼图扫描和多点位实验图像,并具有软件自动聚焦及景深扩展处理和同步数据处理功能。

    高级版
    获取多通道荧光、时间序列、Z轴序列、拼图扫描、多点扫描和高动态范围的共聚焦实验图像,并具有软件自动聚焦及景深扩展处理、同步数据处理和共定位分析功能。

    智能版
    使用简单的用户界面设置不同类型的采集实验,并使用图像分析或Python脚本工具进行自适应自动图像采集。

  • 2D
    使用扩展的图像处理功能,利用直观的软件向导程序指导进行自动2D图像分析。

    3D
    使用扩展图像处理功能,借助高级渲染工具显示3D/4D序列图像,利用直观的软件向导程序指导进行自动3D图像分析。

    AI
    基于深度学习算法对图像进行分割、分类和降噪,可通过专门用于AI模型训练的用户界面访问。

    关联
    使用以样品为中心的操作界面和专用文件管理系统,获取并关联不同设备(如光学和电子显微镜)的图像。

    开发者
    使用专门的Python脚本编辑器进行记录、调试和代码补全,以自定义和自动化进行图像采集、处理和分析。

    分子定量
    在使用成熟算法的专用分析操作界面中,使用荧光漂白后恢复、荧光共振能量转移和比率成像进行分子动力学采集和分析。 

    去卷积
    由高效多CPU/多GPU处理器提供支持,使用15种已发布的去卷积算法,将2D和3D数据分辨率直观地增强至120 nm。

    Bio Applications
    通过基于AI的分割和定制结果的展示,实现开箱即用的细胞计数、融合度测量、点检测和基因/蛋白质表达的功能。

新版ZEN的产品亮点

了解您是否可从新版ZEN的可用功能中受益。
  • Microscopy Copilot

    ZEN软件中的创新AI对话机器人(目前适用于激光共聚焦显微镜系统)获得以下重要更新:

    • 支持多个ZEN版本并可解答版本特定问题
    • 可区分LSM 910/990系统的独立功能特性
    • 长文本回答的稳定性得到提升
    • 可关联对话历史记录
    标记Histone-AF488的发育中果蝇胚胎分裂细胞核图像。样品由中国海洋大学提供。

    Lightfield 4D

    高速激光共聚焦显微镜Lightfield 4D成像获得以下重要更新:

    • 兼容Viluma 9,实现500-600 nm光谱区间快速多色成像与高照明功率
    • 位点阵列尺寸上限提升至1000
    • 同步数据处理速度提升两倍
    • Lightfield处理的易用性得到改进
    使用Lattice SIM显微镜采集的显微图像,显示微管蛋白(青色)与肌动蛋白(橙色)双染色的Cos-7细胞
    微管蛋白(青色)与肌动蛋白(橙色)双染色的Cos-7细胞

    Lattice SIM

    Lattice SIM系统获得以下备受期待的易用性升级:

    • 自动将所选物镜与实验所有光路通道同步
    • 智能设置支持在光路通道中自定义染料名称
    ZEN软件界面的屏幕截图,展示改进后的图像分割选项选择界面,各选项均配有增强的视觉示例与说明。

    其他改进

    此版本还包含若干小改进:

    • 图像分析(2D/3D工具包):改进的图像分割方法选择用户界面
    • AI工具包:优化的多通道图像导入,用于Intellesis图像分割模型训练
    • 文件导入:Glencoe Bioformats导入器已升级至最新版本8.0.1-761
    • 激光共聚焦显微镜:用于共聚焦图像的迭代去卷积(DCV),兼容LSM Plus系统
  • 重复采集步骤的向导式采集工作流程图
    重复采集步骤的向导式采集工作流程图

    重复采集步骤的向导式采集

    重复采集步骤的向导式采集

    向导式采集

    引导式采集的新增功能可实现先进的时间序列成像:

    • 重复循环实验,动态查找罕见事件。
    • 为您偏好的生物过程创建高分辨率时间序列记录。
    • 无需对样品额外进行漂白,为磁盘节省数据空间。

    深度学习

    深度学习分割工作流获得了重要更新:

    • 使用arivis Cloud上的Segment Anything(SAM)快速进行图像注释
    • 通过ZEN模型存储中的新增筛选功能简化模型管理
    智能设置经过改进
    智能设置经过改进

    智能设置经过改进

    ZEN中的通道定义和智能设置现基于全新的光谱数据库:

    • 新数据库包含许多现代染料,特别是针对基因编码的荧光蛋白。
    • 数据库由科学界维护并更新。
    • 旧数据库中的光谱仍然可用。

    Microscopy Copilot

    您的私人人工智能助手Microscopy Copilot将辅助您以交互的方式探索成像实验的全新可能:

    • 无论是新手还是高级用户,都能即时获得优化采集设置的建议。
    • 聊天机器人会考虑到您的激光共聚焦显微镜系统配置。
    Airyscan Multiplex模式下的联合去卷积(jDCV)屏幕截图
    Airyscan Multiplex模式下的联合去卷积(jDCV)屏幕截图

    基体(红色)和基脚(绿色)的方向。由哥廷根马克斯·普朗克生物物理化学研究所基因与行为系的G. Eichele提供

    基体(红色)和基脚(绿色)的方向。由哥廷根马克斯·普朗克生物物理化学研究所基因与行为系的G. Eichele提供

    Airyscan Multiplex模式下的联合去卷积(jDCV)

    这一全新的处理选项基于成熟的jDCV算法和Airyscan Multiplex技术,能以较高的成像速度提供出色的图像质量,并兼容直接处理和批量处理。

  • 受精后4日的转基因斑马鱼幼仔。左:Apotome光学切片
    受精后4日的转基因斑马鱼幼仔。右:后续使用Apotome Plus进行处理。
    受精后4日的转基因斑马鱼幼仔。左:Apotome光学切片,右:后续使用Apotome Plus进行处理。由德国莱布尼茨老龄化问题研究所——Fritz-Lipmann-Institut e.V.(FLI)的H. Reuter提供。

    Apotome Plus

    全新的Apotome数据集处理算法可在宽场显微镜上实现类似共聚焦的图像质量:

    • 横向分辨率可达180 nm 
    • 轴向分辨率更高
    • 优化了信噪比(SNR)
    • 完全集成至ZEN同步数据处理和批处理工作流
    使用非线性光学激光器进行荧光寿命显微成像的屏幕截图
    使用非线性光学激光器进行荧光寿命显微成像的屏幕截图

    使用非线性光学激光器进行荧光寿命显微成像

    借助全新的ZEN采集模块,可在蔡司LSM 980系统上进行非线性光学荧光寿命显微成像(NLO-FLIM)。

    • 兼容单谱线或双谱线激发
    • 单通道或双通道NDD检测器
    用于编码显微镜的ZEN lite模块屏幕截图
    用于编码显微镜的ZEN lite模块屏幕截图

    用于编码显微镜的ZEN lite模块

    该模块扩展了ZEN lite(ZEN的免费版本,用于基本图像采集和分析)的功能,可控制带编码组件的显微镜:

    • 在ZEN lite中读出、显示和调整编码显微镜配置
    • 使用ZEN lite控制LED光源
    Viluma系列产品图:Viluma 5、Viluma 7、Viluma 9
    Viluma系列产品图:Viluma 5、Viluma 7、Viluma 9

    集成Viluma光源

    蔡司Viluma是用于荧光成像的光源系列,可提供诸多先进LED技术的优势。ZEN 3.11中集成了新光源,您可以在整个ZEN生态系统和蔡司宽场显微镜的产品组合中充分释放其潜力。

    实例分割
    实例分割

    实例分割性能增益

    ZEN 3.11版本进一步增强了实例分割的性能:

    • 在所有工作流中(包括实例分割)缩短了获取结果的时间
    • 训练速度更快
    • 在蔡司arivis Cloud和ZEN之间下载模型的速度更快

    高达90%

    提高了一次完成多场景成像的速度

    高达90%

    提高了大型二维图像、三维数据和时间序列的处理速度

    高达3倍

    提高了包含小样品的数据集的速度

    高达3倍

    更快过滤原始预测

    高达30%

    提高了并行速度
  • 实例分割
    实例分割

    实例分割性能增益

    上一版本已对深度学习训练性能进行了优化,此版本新增了加速模型的使用。您将享受以下优势:

    • 更快获得实例分割结果
    • 在图像分析向导、Bio Apps和向导式采集工作流中也能更快获得推理结果

    高达90%

    提高了大型二维图像、三维数据和时间序列的处理速度

    高达3倍

    更快分割包含小型样品的数据集

    高达3倍

    更快过滤原始预测

    2-30倍

    更快地将模型传输至ZEN
    作为Bio Apps工具包的用户,您现在可以分析分子的核转位
    作为Bio Apps工具包的用户,您现在可以分析分子的核转位

    Bio Apps的新亮点:转位

    作为Bio Apps工具包的用户,您现在可以分析分子的核转位。新方法包括:

    • 简单的一步式设置
    • 专用结果视图,包括多孔板热图
    • 可选择集成高级深度学习图像分割
      并行Lattice SIM处理
      并行Lattice SIM处理

      并行Lattice SIM处理

      Lattice SIM处理已成为同步数据处理的一项功能。在执行SIM²数据处理工作流时,您将享受以下优势:

      • 更快获得结果
      • 通过在专用处理工作站上进行并行处理,增加了计算资源
      • 通过智能数据压缩加快了文件传输
        基于人工智能的实时去噪
        基于人工智能的实时去噪

        基于人工智能的实时去噪

        在宽场模式下,人工智能工具包用户现可在连续采集模式下使用Noise2Void深度学习,从而实现了:

        • 使用出色的算法进行高效的实时去噪
        • 使用在温和照明设置下拍摄的高质量图像探索样品
        • 降低光毒性和光漂白

        下载

        • ZEN 3D Toolkit

          Visualization and Analysis of 3D Volume Models

          1 MB


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