模式生物

蔡司 arivis 提供面向模式生物研究的智能图像分析软件,支持2D至5D的多维影像数据分析,适配线虫、果蝇胚胎、斑马鱼、实验小鼠、拟南芥及七鳃鳗等经典模式生物。平台支持大样本拼接、三维重建、全脑分析、细胞追踪及动态定量分析,可完成透明化小鼠全脑重构、整鼠胚胎影像自动分割以及斑马鱼神经网络三维重建。结合AI自动分割与定量分析技术,可精准识别植物细胞膜、胚胎细胞核及微核等精细结构,实现发育过程追踪、细胞运动分析及多参数统计。广泛应用于发育生物学、植物学、水生生物学、神经科学等生命科学研究。

数据来自Ertürk-Lab, Institute for Stroke and Dementia Research, Munich, Germany

小鼠整鼠切割与三维重建

对于大型样品,可以进行切割,以便放入尺寸有限的样品仓内,并对每一部分分别采集三维图像。后续可使用arivis中的360度融合功能,拼接多组数据,重构得到透明化全鼠。

数据来自Xradia Context microCT, Chih-Wei Logan Hsu, Baylor College of Medicine

整鼠胚胎X-射线图像的分割及渲染

使用arivis对小鼠胚胎进行重构渲染,并利用深度学习分割出大脑及脊髓、肝脏、心脏、肾脏和眼睛等器官。

数据来自复旦大学

斑马鱼头部神经细胞的分割与重构

在斑马鱼脑中刺激特定神经细胞后,对神经细胞进行提取,并对整个斑马鱼头部进行三维重构和渲染。

样品来子英国伦敦弗朗西斯·克里克研究所的 Toby Andrews 和 Rashmi Priya

斑马鱼心脏的形态及心壁运动

受精后 3 日跳动的斑马鱼胚胎心脏,使用 mCherry 标记心肌细胞核。在 1.2 秒内使用 Lightfield 4D 采集 3 次完整心跳。使用 arivis Pro 进行细胞分割和跟踪,可以清楚地看到,心肌细胞在每次心跳中都遵循完全相同的轨迹。

数据采集于谢菲尔德大学生物科学学院的沃尔夫森光学显微镜平台

黑腹果蝇白色前蛹血淋巴中昆虫血细胞的流动

蔡司 Lightfield 4D 与蔡司arivis Pro 结合使用,为在生理体内条件下对血流进行成像和分析提供了独特的机会。Lightfield 4D 具有每秒 80 个体积的出色速度,可快速对大体积进行成像。arivis Pro 的可以对时间序列下的三维血细胞进行分割和追踪。

数据来自英国约克大学生物系的Sean Sweeney博士

黑腹果蝇1龄幼虫壁的肌肉活动

黑腹果蝇1龄幼虫,处于半约束状态,其体壁肌肉中表达钙敏感荧光蛋白。通过蔡司arivis Pro进行分析,可以利用时间轴上的信号强度热图分析,从而可视化肌肉在时间上的活动。

拟南芥树根的细胞膜分割

利用arivis中的膜结构提取工具分割植物根尖细胞,还可使用膜结构处理工具对不连续的细胞膜信号进行增强,使分割结果更加准确。

数据来自Smmith JJ, et, al. Annu Rev Anim Biosci. 2021

七鳃鳗胚胎细胞核及微核分析

使用arivis机器学习对七鳃鳗胚胎的细胞核及周边微核进行分析,了解其基因重组过程中DNA丢失的机制。