蔡司ZEN Intellesis —用于显微图像分割

利用深度学习,轻松进行图像分割

对于精锐的显微图像而言,其真正的价值在于从中提取的数据。图像分割是当今显微技术领域面临的最大挑战之一。分割为所有后续的图像分析步骤奠定了基础。ZEN Intellesis可以利用深度学习和Python轻松地呈现可靠且可重现的分割结果,即使是非专业人士也可以很容易地做到。您可以先训练模型,然后ZEN Intellesis便能够自动分割数百张图像。这样不仅节省时间,还能将用户偏差降至最低。

优势

利用深度学习进行图像分割

要从精锐的图像中获取可靠数据,往往需要在多个图像中分割多类对象。借助ZEN Intellesis,现在您可以利用专业知识在一些图像上训练软件。数百张类似图像的分割过程繁琐耗时,现在这一工作可以由ZEN Intellesis强大的深度学习算法和Python基础结构来完成。利用多通道特征提取方法,甚至可以分析复杂的多维和多模态数据,无论其来源如何。

简便顺畅的集成化工作流程

ZEN Intellesis软件模块让深度学习简便易用:您只需导入图像、定义图像类别、标记对象、训练模型,再进行图像分割。当达到您满意的效果后,您就可以利用训练好的模型来分割和分析完整的数据集。ZEN Intellesis可以完全集成到ZEN成像软件的图像分析向导中。集成到ZEN测量框架不仅可以确保所有重要的元数据保持连接,还可以用于后续的处理步骤。

分析多种来源、多种格式的多模态图像

使用软件模块ZEN Intellesis,您可以轻松地分割来自不同来源的多维图像,比如:

• 宽场显微镜
• 超高分辨率显微镜
• 荧光显微镜
• 无标记显微成像系统
• 共聚焦显微镜
• 激光片层扫描显微系统电子显微镜
• X射线显微镜

您可以分析处理ZEN成像软件可读的所有图像格式,包括:CZI、TIFF、JPG、PNG、TXM和所有Bio-Formats兼容的图像。

生命科学应用实例

1. 划痕分析

Single frame of recorded time-lapse movie. Segmentation result of ZEN Intellesis
单帧录制的时间序列。
ZEN Intellesis的分割结果 - 划痕区域(蓝绿色),细胞层(橙色)和分裂细胞(红色)。
scratch area measured over time
基于ZEN Intellesis的分割结果,采用ZEN图像分析模块随时间测量划痕区域的大小。

2. 树突棘和树突

spines on a dendrite
神经元的树突表达绿色荧光蛋白。使用Elyra PS.1结构光照明获得的图像显示了树突上的树突棘。
Segmentation with ZEN Intellesis results in a clear separation
使用ZEN Intellesis分割可以将树突棘(绿色)从树突(红色)和背景(蓝色)中清晰分离。

3. 果蝇

X-Ray micrograph of a Drosophila melanogaster.
黑腹果蝇的X-射线显微图。采用蔡司 520 Versa采集的1,400张整个果蝇的z-stack。
X-Ray micrograph of a Drosophila melanogaster.
采用ZEN Intellesis获取的分割结果 - 外骨骼(红色),内部结构(蓝色和黄色),背景(绿色)。
X-Ray micrograph of a Drosophila melanogaster.
基于外骨骼类的3D模块渲染。

应用实例材料分析

XRM Sandstone – Original
XRM砂岩 – 原始图像
XRM 砂岩 – 标记
XRM 砂岩 – 标记
XRM 砂岩 – 训练和分割
XRM 砂岩 – 训练和分割
XRM 砂岩 – IP功能输出
XRM 砂岩 – IP功能输出

如何进行图像分割

免费试用版下载

蔡司ZEN Intellesis机器智能学习软件

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下载

ZEISS ZEN Intellesis for Life Science

Image Segmentation for 2D and 3D Datasets

2 Pages
Filesize: 1,149 kB

ZEISS ZEN Intellesis

Machine Learning Approaches for Easy and Precise Image Segmentation

8 Pages
Filesize: 5,152 kB

ZEISS ZEN Intellesis for Materials Science

Your Imaging Software for Machine Learning

2 Pages
Filesize: 2,265 kB

Advanced Segmentation for Industrial Materials

Learn about machine learning – a solution to the segmentation problem with ZEISS ZEN Intellesis for initial data generation or analysis and processing of a segmented image.

11 Pages
Filesize: 4,795 kB