蔡司ZEN Intellesis —用于显微图像分割

利用深度学习,轻松进行图像分割

对于精锐的显微图像而言,其真正的价值在于从中提取的数据。图像分割是当今显微技术领域面临的最大挑战之一。分割为所有后续的图像分析步骤奠定了基础。ZEN Intellesis可以利用深度学习和Python轻松地呈现可靠且可重现的分割结果,即使是非专业人士也可以很容易地做到。您可以先训练模型,然后ZEN Intellesis便能够自动分割数百张图像。这样不仅节省时间,还能将用户偏差降至最低。

如需了解更多信息和技术细节请使用OAD-机器学习软件。

优势

利用深度学习进行图像分割

为了从图像中获得可靠的数据,往往需要在多个图像中分割多类对象。借助ZEN Intellesis,你可以基于专业知识在少许图像上训练软件。此后,哪怕数以百计的类似图像的分割工作都可以用有着强大的深度学习算法的ZEN Intellesis来完成。基于Python,可通过预训练建立多通道特征的提取和分割方法,得以实现不同来源的复杂多维度、多模态数据分析。该软件也允许你建立并使用自己独特的深度学习模型。

简便顺畅的集成化工作流程

ZEN Intellesis软件模块让深度学习简便易用:您只需导入图像、定义图像类别、标记对象、训练模型,再进行图像分割。对于如细胞核分割的常规任务,可直接通过导入预训练模型来完成整个数据库的分割和分析。ZEN Intellesis可以完全集成到ZEN成像软件的图像分析向导中。集成到ZEN测量框架不仅可以确保所有重要的元数据保持连接,还可以用于后续的处理步骤。

分析多种来源、多种格式的多模态图像

使用软件模块ZEN Intellesis,您可以轻松地分割来自不同来源的多维图像,比如:

• 宽场显微镜
• 超高分辨率显微镜
• 荧光显微镜
• 无标记显微成像系统
• 共聚焦显微镜
• 激光片层扫描显微系统电子显微镜
• X射线显微镜

结合ZEN Connect,可以利用ZEN Intellesis去挖掘出相同样品在不同显微镜下采集到的更多有价值的信息。利用图像的特征同时分割出不同形式下的同一样品的特定结构。您可以分析处理ZEN成像软件可读的所有图像格式,包括:CZI、TIFF、JPG、PNG、TXM和所有Bio-Formats兼容的图像。

生命科学应用实例

1. 划痕分析

Single frame of recorded time-lapse movie. Segmentation result of ZEN Intellesis
单帧录制的时间序列。
ZEN Intellesis的分割结果 - 划痕区域(蓝绿色),细胞层(橙色)和分裂细胞(红色)。
scratch area measured over time
基于ZEN Intellesis的分割结果,采用ZEN图像分析模块随时间测量划痕区域的大小。

2. 树突棘和树突

spines on a dendrite
神经元的树突表达绿色荧光蛋白。使用Elyra PS.1结构光照明获得的图像显示了树突上的树突棘。
Segmentation with ZEN Intellesis results in a clear separation
使用ZEN Intellesis分割可以将树突棘(绿色)从树突(红色)和背景(蓝色)中清晰分离。

3. 果蝇

X-Ray micrograph of a Drosophila melanogaster.
黑腹果蝇的X-射线显微图。采用蔡司 520 Versa采集的1,400张整个果蝇的z-stack。
X-Ray micrograph of a Drosophila melanogaster.
采用ZEN Intellesis获取的分割结果 - 外骨骼(红色),内部结构(蓝色和黄色),背景(绿色)。
X-Ray micrograph of a Drosophila melanogaster.
基于外骨骼类的3D模块渲染。

应用实例材料分析

XRM Sandstone – Original
XRM砂岩 – 原始图像
XRM 砂岩 – 标记
XRM 砂岩 – 标记
XRM 砂岩 – 训练和分割
XRM 砂岩 – 训练和分割
XRM 砂岩 – IP功能输出
XRM 砂岩 – IP功能输出

如何进行图像分割

 
 

免费试用版下载

蔡司ZEN Intellesis机器智能学习软件

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下载

ZEISS ZEN Intellesis for Life Science

Image Segmentation for 2D and 3D Datasets

页: 2
文件大小: 1149 kB

ZEISS ZEN Intellesis for Materials Science

Your Imaging Software for Machine Learning

页: 2
文件大小: 2262 kB

Advanced Segmentation for Industrial Materials

Learn about machine learning – a solution to the segmentation problem with ZEISS ZEN Intellesis for initial data generation or analysis and processing of a segmented image.

页: 11
文件大小: 4794 kB

ZEISS ZEN Intellesis

Machine Learning Approaches for Easy and Precise Image Segmentation

页: 8
文件大小: 5151 kB

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