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Carl Zeiss Microscopy GmbH 公司总部位于耶拿。

在此设有生物科学和工业业务部，主要从事市场战略和系统集成。例如，耶拿产品开发部门负责收集关于创新技术和原理的建议，并针对整个 Carl Zeiss Microscopy GmbH 公司进行可行性研究测试。这是产品开发的预备阶段，之后将会运用在我们的产品中。

耶拿生物科学业务部主要负责激光扫描显微镜及其相关系统。这些显微镜及系统将被运用在生物医学研究的各个领域。科学家们在它们的帮助下研究中风、疯牛病或阿尔茨海默氏症等疾病的病因，以及监测细胞繁殖和肿瘤生长。蔡司凭借超高分辨率显微技术树立了一块新的里程碑，相比于传统显微镜其分辨率提高了十倍。例如，研究人员可使用这项技术来检测纳米级分子的位置。因此，用于辨识和了解细胞结构内相关性的新科学方法应运而生。

耶拿工业业务包括整个光学传感器系统分部。产品涵盖用于不同应用的衍射光栅、光谱仪系统，以及提供用于太阳能与玻璃制造工业中的完整测量系统的解决方案。

Carl Zeiss Microscopy GmbH 在哥廷根从事生产与研发。设有生物科学、工业及生产业务部。

哥廷根生物科学及教学与常规应用分部也隶属于生物科学业务部。

哥廷根为生物科学领域开发和生产正置式与倒置式显微镜、体视显微镜及基于这类显微镜的应用于工业、科学和研究的系统。

相比于生物科学业务部内的其他分部，教学与常规应用分部则依据目标群体、应用、产品定位、产品属性及销售渠道进行划分。

工业业务部则包括整个材料分部。

最重要的目标群体分别来自机械工程、钢铁和金属生产与加工行业、汽车与航天工业、微电子和太阳能产业、化工与制药业及相应的研究机构。重要的应用领域涵盖颗粒度分析、二维材料分析和缺陷分析及三维表面分析。

生产业务部的全球化制造与采购网络使我们的产品具有低成本和卓越性能的特点。因而蔡司显微镜总能迅速对市场需求做出积极响应。

通过在设计、建造和生产过程中实现全程互动，蔡司不断优化价值链，并依赖所有合作伙伴的尽早参与，始终如一地为客户提供创新产品及服务。

蔡司显微镜事业部在慕尼黑也拥有生产与开发分部。

慕尼黑生物科学业务部致力于成像软件和数码显微镜相机的开发。同时还在此为 Carl Zeiss Microscopy GmbH 所有业务部开发图像分析的软件，以及提供激光显微切割系统和自动化技术。

如今，先进的图像和分析技术的重要性与日俱增。在过去获得"完美的图像"对我们非常重要，而现在客户更看重数据的可复制性以及相关分析。此外，越来越复杂的实验需要更高度的自动化。数码相机既可对光线较弱的样品进行多维荧光成像，也能实现具有艳丽色彩的高分辨率二维成像。它们是显微技术中图像采集的必要前提。除用于图像处理的成像软件解决方案外，应用于电动显微镜的成像软件也是慕尼黑的产品之一，并且在此为生物医学和材料分析开发数码显微镜相机。

Carl Zeiss Microscopy GmbH 在慕尼黑建有现代化的应用中心，其中包括专门配备了蔡司显微镜的实验室。在这里，我们的客户可以亲身体验从样品制备到显微切割，以及分子基因分析和数字化显微读片系统。

• “奥伯科亨光学工厂”创立于 1946 年（后改名为：蔡司） – 美国军队从耶拿带走了 126 名管理人员及科学家并将他们送往美国军事占领区
  
• 从事场发射扫描电子显微镜、Crossbeam 显微平台的开发、生产、直销和分销，并设立了客户演示中心
  
• 员工人数：约 350 名
  

• Carl Zeiss Microscopy Ltd 的前身为剑桥科学仪器公司（Cambridge Scientific Instruments），它由 Horrace Darwin 于 1885 年创办，后被徕卡（Leica）公司收购。蔡司与徕卡公司共同组建了一家名为 LEO Electron Microscopes 的合资企业，后被前者于 2001 年全部收购。
• 剑桥分公司主要从事开发、生产和销售扫描电子显微镜（EVO、∑IGMA 及诸如 ParticleSCAN 和 JetSCAN 等特定应用的系统）、软件及应用。
  
• 员工人数：约 100 人
  

• 2006 年收购新兴企业 ALIS
• 开发和生产蔡司独有的离子束显微镜产品，如 ORION
  
• 员工人数：约 130 名